Palírna Mortlach byla založena r. 1823 Jamesem Findlaterem, Donaldem McIntoshem a Alexandrem Gordonem. Po několikaletém odmlčení převzal palírnu v r. 1852 John Gordon, který o rok později přijal za partnera George Cowieho. Po Gordonově smrti se Cowie stal jediným majitelem palírny. Když jeho jediný vnuk padl v r. 1917 ve válce, byla palírna prodána společnosti J. Walker & Co. V r. 1963 byla palírna kompletně přebudována a zmodernizována. Jedná se o jednu z devíti palíren ve městečku Dufftown, a to nejstarší z nich. Dnes palírnu vlastní společnost Diageo. Diageo, stejně jako předchozí vlastníci (UDV a United Distillers) používali whisky Mortlach takřka výlučně pro své blendy (nejvýznamější z nich Johnnie Walker), ve své single malt podobě se objevila prakticky pouze v legendární sérii Flora a Fauna a v několika plněních nezávislých stáčíren. Vynikající kvalita, tak trochu macešský přístup majitelů palírny a z něj vyplývající nedostupnost na trhu udělaly v průběhu let z palírny a whisky Mortlach kultovní záležitost.